請求先を分けるためにグループ設定を行いましたが、自動で請求書も分割されますか？また、いつの請求書から反映されますか？

自動で請求書は分割されません。回線のグループ分けとは別に、MEEQコンソール上の請求先の登録が必要です。
設定方法はこちらをご確認ください。

また、反映のタイミングについては、請求書発行時点の設定内容が適用されます。
請求書発行のスケジュールはこちらをご確認ください。